眼科醫院最常遇到的主訴之一是家中寶貝瞇瞇眼、想抓眼睛、眼白紅紅。這時候檢查的流程會先從眼睛外部開始一一排除可能的原因，睫毛的問題就可能會在一開始檢查的時候被揪出來了。一般來說在狗狗會比貓咪常見睫毛的問題。
睫毛的問題可以分成三大類：
- 睫毛倒插(Trichiasis)：睫毛的毛根在正常毛囊位置，但毛髮的方向往內刺激到眼球表面。這種狀況可能是本身毛髮生長方向異常，或是因為其他原因導致方向異常，如皮膚皺摺太厚、眼瞼缺損或眼瞼內翻等等。
- 多生睫毛(Distichiasis)：睫毛的毛根在瞼板腺內，從瞼板腺的開口生長出來，通常比較細小柔軟，可能不會造成明顯的臨床不適感。常見於貴賓犬及可卡獵犬。
- 異生睫毛(Ectopic Cilium)：睫毛的毛根在瞼板腺內，但從結膜面(眼皮的內側)生長出來，通常會造成角膜刺激，嚴重時會導致角膜潰瘍。直接使用肉眼相當不容易看到，有時候要藉由特定方向的燈照及放大鏡才有辦法找到。
臨床症狀除了本文第一段所提到的瞇瞇眼(眼瞼痙攣)、眼白(結膜)紅之外，可能還會看到眼睛分泌物變多、角膜潰瘍、抓眼睛等狀況。如果不及時處理根本的原因，可能會進而導致嚴重角膜潰瘍或感染等狀況。
治療上會依據症狀的嚴重程度選擇不同的方式，如果動物沒有任何的不適感，甚至不需做任何處置。如果症狀輕微，可以選擇暫時拔除毛髮，但毛髮可能平均一個月左右又會重新長出，造成輕微刺激，因此可以適時搭配人工淚液降低不舒服的感覺。但如果是因為其他因素(如眼瞼內翻、缺損等等)造成眼睛的刺激，則需要解決根本的原因，像是實施眼瞼整形或重建手術。
若是症狀較嚴重，可以選擇電燒、冷凍治療或直接手術切除異常生長睫毛的毛根。
電燒的做法是將電極從毛髮生長開口插入約3-4mm到毛囊根部，給予電流持續15-30秒將毛囊破壞後把毛髮移除。但若是毛囊內有多毛根生長，則可能無法完全清除乾淨。此外，因為電燒會對周邊組織造成一定範圍的熱傷害，所以若是在小範圍內有太多數量的異生睫毛，不建議使用這個方式，可能會造成軟組織嚴重的發炎糜爛傷害。在電燒後的半年內，周邊的皮膚也可能會有去色素化的現象。
冷凍治療在概念上與電燒差不多，不過屬於非侵入性的做法，從結膜面利用液態氮的低溫將毛囊破壞。這個做法也會在周邊的區域造成一定程度的軟組織傷害，因此在設備的選擇上使用精確度較高的冷凍探頭會對周邊軟組織傷害相對較小。
手術直接切除毛囊相對於前兩種方式對周邊軟組織的傷害較小，但如果大範圍切除可能會造成眼瞼內翻或影響到類義的分泌。也可以使用小直徑的皮膚採樣鑽孔器直接將異生的睫毛連根摘除，對於周邊組織的傷害更小。
此類手術在術後不太需要縫合，因為結膜的再生能力強，大多都是讓組織自然癒合即可，術後可以搭配抗生素眼藥水、人工淚液以及口服的消炎藥控制軟組織可能的感染及腫脹狀況，因為可能會持續一小段時間的腫脹不適感，頭套的佩戴也是必須的。若有將毛囊完整切除，復發機率非常低。
